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Shukenja Beta
2112年6月1日
根据从主权者基地所得来的情报，那里关于外星科技的研究只是一个小计划，真正的研究是在位于冥王星区域的主权者二号基地（Shukenja Beta）进行的。当前木星与冥王星的距离正处于最遥远的位置，用传统的飞船，要抵达那里将会耗时四年之久，但是，公司手上现在有天使之翼。从现在开始，马库斯的舰长一职将从短剑号改为天使这翼，短剑号上的全体船员也跟着马库斯一起驾驶天使之翼。不但如此，总部还派出一名叫鲁道夫（Rudolf Veltman）的科学家随舰出发，领导舰上的科学组。
能够亲自指挥这艘美丽的战舰，马库斯的心情自然是十分兴奋，当启动舰上的星区引擎进行长途旅行时，马库斯感到舰外的景色都是那么奇妙而神秘。不过，马库斯也不得不要面对这样的问题，究竟这艘神秘的战舰，是由谁所建造的？他们有敌意吗？
凭着新型引擎，马库斯一行只用了数周就抵达了冥王星区。随着跟主权者二号的距离续渐缩短，马库斯发现了这地方除了主权者二号基地外还存在着别的东西：一个虫洞和一个前所未见的人造物体！“虫洞！”新来的鲁道夫对此兴奋不已，而大副则对那个没有任何能量、生命反应的不明人造物体表示密切关注。按照距离远近，马库斯让天使之翼先去调查这个奇妙的虫洞。鲁道夫看着扫描报告，惊讶地发现这个虫洞跟60年前在火星崩溃的那个是一样的。鲁道夫十分希望能够穿越它一探另一边的世界，不过，马库斯不允许这样做。在马库斯心中，他父亲与数以千计拓荒者的集体失踪已经与虫洞划上等号。
天使之翼把目标转向不明物体，大副的报告说这奇怪的东西对舰上的扫描光束有反应，询问是否继续。马库斯让他继续扫描，得来的结果让马库斯与鲁道夫很不解：该物体由未知金属构成，无任何明显的设备特征，但却能够吸收所有指向它的能量。面对这个一动不动的物体，马库斯还是决定先把它放着不管，让突击队进入主权者二号基地进行搜索工作。
突击队在登陆后不久，便遇到猛烈的攻击导致全灭。马库斯还未来得及作出任何表示，那不明物体却突然变成一团耀眼的光球，并向天使之翼发动攻击！那团光球只是一击便破坏了天使之翼舰体的20%，同时星区引擎也被打坏了，正当马库斯无计可施时，主权者二号向天使之翼传输了一段不明的数据，舰上的电脑马上开始自动运作，启动了天使之翼上的护盾挡住了不明物体的第二击。舰上的监视器显示出一个自称为天使（Tenshi/Angel）的AI影像，她告诉马库斯千万不要还击，尽管现时护盾系统已经开启，但也只能撑一小段时间，现在的唯一机会就是穿过虫洞逃离这里。
马库斯看着舰外那不断在周围移动的神秘能量球，感到别无选择，只能让天使之翼把引擎的输出功率提升到200%，向虫洞冲去……
Raptor Raid
2112年6月20日
当马库斯穿过虫洞时，脑海中不断闪出无数的念头：他会在这宇宙的另一方遇到什么？朋友？敌人？天使之翼的制造者？还是天堂？但当天使之翼从虫洞的另一端出现，并被数量庞大的未知舰只包围时，马库斯也只能想到“外星人”这三个字，直到他看到最接近的一艘舰只上面的舰名：马可波罗（Marco Polo)……
马库斯从未想过当年那场被称为诺亚大灾难，导致他父亲与数千名拓荒者失踪的探索计划事实上居然成功了！尽管60年前火星轨道上的虫洞崩溃了，但诺亚方舟事实上已经来到了宇宙的另一端。虽然与地球彻底断绝了联系，但马库斯的父亲理查德还是用毕生的精力带领部下在这个被命名为诺亚的陌生星系建立起一个庞大的，自给自足的殖民地。而在这里，诺亚的人民遇到了一群拥有极先进科技的神秘外星民族：华卓人（Vardrags）。这些外星人与诺亚人民结成了联盟：华卓人提供技术支援帮助人类在这个星系生存、发展、扩张，作为回报，人类必需作为华卓的雇佣军，替他们跟第三个民族：哥格人（Gorgs）开战。真是讽剌，人类总是希望能找到一个乌托邦，但等来的，往往只有新的战争。
尽管华卓人和哥格人素来不和，但开战的导火索还是因为许多年前联接双方那庞大国土的虫洞连结突然崩溃，哥格人认为华卓人拥有这样的技术，并因此宣战。但实际上，华卓人却发现导致虫洞崩溃的真正原因却是那些被称为“吸能者（Mechanoid）”的超级AI“生物”，也就是那个在主权者二号袭击天使之翼的不明物体。“又是AI吗？”马库斯回想当初那名为天使的AI的出现，以及她保护天使之翼免受吸能者攻击的经历，这两者有关吗？
带着各种疑问，马库斯受邀乘着天使之翼跟随一队货船以及护抗的驱逐舰前往诺亚星区的主殖民地诺亚空间站（Noah Station），马库斯父亲最大的遗产。当马库斯怀着复杂的心情等待着抵达目的地时，整个舰队突然从亚空间回到正常宇宙，除了天使之翼外，所有舰只的行星引擎全都要重新充能使用，这需要十分钟。驱逐舰的舰长告诉马库斯，华卓人拥有这种让行星引擎停止运作的军事科技，但却不知道为什么对他们使用。就在此时，不远处出现了大批的敌人，经确认这是华卓人利用基因与生化技术制造出来的杀手猛禽部队（Raptors），据闻最近有一部分猛禽脱离了华卓人的控制成为海盗，看来便是来者。无论如何，迎击敌人为货船争取时间是首要任务，因此，马库斯便下令让天使之翼跟驱逐舰铬合金号（Chrome）一起夹击敌人。
因为之前已经听过那些外星种族的科技中也有着能量护盾技术，所以马库斯起行前便已经命人在天使之翼上装上能量炮弹（Energy Shell），这时新式武器便发挥作用了。马库斯让天使之翼的武器系统能量输出提升到200%，然后与铬合金号一起不断用能量炮弹对敌舰进行猛烈轰炸，当敌人护盾过载时就用对舰炮火将敌人摧毁。如此这般，整个舰队撑过了这艰难的十分钟，并且成功地启动行星引擎脱离此地。不过，到最后才发现，一艘叫“肥阿姨”（Fat Lady)的货船还是被猛禽部队劫走了。
The Chase
2112年6月23日
当马库斯来到诺亚基地后，接见他的是诺班克少将（Rear Admiral Norbank）。作为诺亚星系防卫舰队的指挥官，诺班克的语气自然是目中无人了点。还未等马库斯安顿妥当，少将就已经指派了一项任务给他：利用天使之翼的高速度跟舰队中的两艘驱逐舰一起去拦截正前往未知虫洞的“肥阿姨”号货船，然后利用华卓人提供的舰载炮艇“禁卫军”（Praetorian Gunboat）破坏货船上的引擎。诺班克少将会乘坐他的旗舰罗马号（Rome）前往支援。
三艘战舰利用行星引擎很快便追到了肥阿姨号所在的区域，两艘驱逐舰便决定去追击那些猛禽海盗，把追击肥阿姨的工作交给马库斯。尽管失去战斗的乐趣，但马库斯还是下令全速追上肥阿姨号。正当离目标距离越来越近时，三艘猛禽战舰突然出现在天使之翼前，而己方两艘驱逐舰顿时音讯全无。马库斯看对方来势汹汹，立刻让舰上的禁卫军炮艇出击摧毁肥阿姨号上面的主副两个引擎，天使之翼则与三艘敌舰进行缠斗。
很快，炮艇部队完成了他们的任务，肥阿姨号停下来了。见此，马库斯迅速将他们召回，然后命令禁卫军攻击三艘敌舰上的护盾产生器。不得不说，华卓人提供的这些高速战机的性能实在优秀，在他们的配合下，天使之翼很快就全歼了三艘敌舰。不久后，传感器侦测到数个不明信号，正当舰上众人以为是失散的驱逐舰和增援部队时，监视器却显示出来者全是海盗们的战舰。幸好，诺班克少将这时也赶到了……
Back to Earth
2112年7月14日
在回到诺亚基地后，马库斯收到了诺班克少将自己亲自去处理猛禽海盗的消息，同时，诺亚基地派回太阳系的两个探测器以及一艘驱逐舰威斯克斯号（Whiskers）同时失去了联系。地球的状况实在是让人担忧。见此，马库斯自告奋勇要求重回太阳系搜集情报，司令部也不得不同意他这个提案。理由很简单，若然太阳系真的被吸能者入侵了，天使之翼是唯一有能力逃出该区的战舰。
通过虫洞后再经过数周的航行，天使之翼已经来到了月球的背面，不过，月球的背面突然多出一个黑色的月亮！这个躲藏在月球背后的黑月就如同死神一般可怕，尽管它目前一片死寂，但天使指出，这球体就是吸能者们的护输舰！目前的沉寂可能只是因为吸能者都在地球上，看来地球已经是劫数难逃了。天使提议利用太空中的转播站进入地球上的网络一探究竟，马库斯只好同意。
就在天使刚离开的时候，地球方向出现了三艘战舰，其中便有失踪的威斯克斯号，不用说，这三艘战舰已经被吸能者控制了。敌人射出的飞弹摧毁了转播站，天使是否能够回来变成了最大的问题，但是眼前还是有敌人需要解决。在激战当中，天使之翼收到了来自敌方剃刀号战舰（Razor）的求救信号，船上还有人生还！一想到这点，马库斯便下令先消灭其余两艘舰，然后将剃刀号打成失控状态，再派突击队救回一名生还者。
在救到人后，跟天使约定的十分钟期限也快到了。马库斯立刻让天使之翼驶近同在该区的北极星太空站（North Star），就像奇迹一样，太空站上依然有人生还。通过无线电与太空站上的技术员联系，马库斯得知地球上所有的网络与机械设备都被一种极具攻击性的病毒入侵，然后开始控制地球上的一切生命。当众人正在研究地球上的状况时，天使之翼被突然出现的五个吸能者包围，幸好天使如期出现，并利用她的力量带领天使之翼安全离开。 Raptor Genocide
2112年8月4日
通过跟获救的生还者们交流，诺亚的科学家意识到这些无机生命：吸能者并没有自己的意识，它们只不过是一群被称为“实体”(Entity)的像神一样存在的超级AI的工具。实体，这究竟是什么？拥有连华卓人都谈其色变的可怕能力的AI？这世界真的有这种可怕存在吗？马库斯决定先不去管它，因为以目前的能力，夺回地球简直就是死路一条。目前诺班克少将正带领舰队对猛禽的海盗基地进行总攻，马库斯也是其中一员。“先解决眼前的战争吧”，马库斯想。
诺班克少将在战场的表现只能用兴奋二字来形容，尽管华卓人的大使一再提醒要小心那些海盗，但诺班克根本就不将他放在眼内。眼见海盗的舰只越来越少，诺班克正洋洋得意时，冷不防从海盗基地射出来的两枚导弹把他吓了一跳。这两枚导弹就像利箭一般正中诺班克的旗舰罗马号以及另一艘战列舰雅典号，防空系统对它全无反应，就连护盾也阻挡不了。两艘战列舰开始发生猛烈爆炸，那自负的诺班克也不得不下令弃船。失去了最高指挥，剩余的舰只就变成由马库斯全权控制了。马库斯让大家集中火力全力击破敌人剩下的舰只，这其中包括一艘母船。华卓大使发来信息指出海盗基地的构建存在缺点，马库斯就下令对海盗基地进行扫描。
基地中那受损的反应堆部件很快就被发现了，这时一艘探索者级的华卓战舰带着大量的禁卫军炮艇赶到，海盗基地俨然已是囊中之物。
First Blood
2112年9月4日
从地球回来后，马库斯便一直在做恶梦，在梦中他总是见到月球背后那个神秘黑月的巨大阴影正在慢慢的笼罩整个宇宙。华卓人出于对吸能者的恐惧，已经把通往太阳系的唯一虫洞彻底封锁起来，即使是天使之翼也不能接近。从此，地球便与诺亚再一次失去联系。除此之外，还有个好消息，诺班克少将在那次罗马号的大爆炸中居然可以生存下来，在被授予钻石新星勋章的同时，他还成为了近期对哥格人大型战役的总指挥。马库斯也因为他的显赫战功而成为诺亚星际之鹰舰队众多分舰队指挥官的一员，自此，马库斯旗下除了天使之翼外新增了布鲁图斯（Brutus）与斯巴达（Sparta）两艘驱逐舰，这两艘舰分别由原天使之翼的上的科学主管鲁道夫与马库斯的好友，法兰西斯所指挥。
马库斯这次的任务是保护在主战场不远处的一艘我方支援舰只巨人号（Colossus），这艘巨型战舰拥有要塞式护盾，可以保护直径数公里内的已方舰只。不过，当已方舰只在要塞护盾内时，自身的护盾将会被抵消掉。一同守卫巨人号的还有一艘重型巡洋舰雪崩号（Avalanche）和两艘护卫舰。当六艘战舰环绕巨人号摆好阵势后，哥格人的舰队也赶到了，这些绿皮肤的家伙无论语气还是行为者十足一个地球中世纪的野蛮人。为了给巨人号上面的要塞护盾争取时间，马库斯让各舰只快速上前，以最快的速度毁灭敌人两艘战术驱逐舰战鸟号（Warbird）和毒刺号（Sting）。
当护盾成功启动后，各舰便退回护盾内对敌展开攻击，哥格人见此，便让舰队变动阵型。舰队中马上有人指出这是哥格人对付要塞护盾的手段：攻城激光。这种强力的激光可以穿透像要塞护盾这样的力场，要阻止它就要把在战列舰四周为攻城激光提供能源的舰只摧毁。马库斯听到后便马上让所有舰只集中火力向那些为攻城激光充能的舰只展开攻击，同时破坏它们的行星引擎以免它们逃跑。一场恶战后，马库斯终于可以靠在椅背上松一口气。
Saving the Scout
2112年9月6日
几场战斗下来，双方各有损伤，诺班克不得不让受损的舰只撒退进行休整。不过，这并不代表着马库斯无事可干，正好相反，诺班克那烂人要你在这段时期执行一项救援任务：我军有着专职侦察并提供情报的盟友，但是目前该盟友有一艘战舰被困在小行星带。哥格人为了防止它逃走不但出动了四艘驱逐舰，而且其中一艘上面还载有行星引擎屏蔽器。救援任务，马库斯比较喜欢这个，毕竟救人总比杀人要好。
马库斯率领天使之翼和布鲁图斯、斯巴达三艘战舰进入小行星带。传感器上除了两艘哥格人的驱逐舰外便一无所获。马库斯让舰队先把眼前的敌人解决掉，便利用舰只的机动性将敌人引出小行星带并加以歼灭。当消灭掉两艘驱逐舰后，舰队开始深入小行星带，这时传感器再次发现两艘哥格驱逐舰，还有一个若隐若现的信号源。在舰上的科学家对这种完全隐形技术表示惊叹的时候，天使之翼与其属下的舰只正为了保卫盟友的侦察舰而跟敌人进行激战。马库斯想起敌人载有行星引擎屏蔽器，便利用布鲁图斯上安装的扫描仪对敌人进行设备扫描。很快，屏蔽器被查出装在那艘叫争夺（Contention）的驱逐舰上。
当舰队把最后的敌人解决后，那神秘的盟友终于得以脱离此地。在表示感谢的同时，他还提供了一个极其重要的情报：在这个星系还有一个虫洞。
Sneaking
2112年9月7日
“根据我们盟友的情报，那个被命名为斯塔门（Theta Gate）的虫洞是哥格人用来大规模输送舰队的重要通道，看来他们想用狼群战术把我们的舰队逐出这个星系。”诺班克板着脸对马库斯说，这也难怪，目前多艘大型战舰仍未维修完毕，以现存舰只的数量去跟哥格舰队对抗实在是有点强人所难。但是，诺班克再一次在马库斯和天使之翼上面打主意：哥格人在八号门那里布下了大量的强力空雷，这是他们防范敌人的手段。不过，在斯塔门附近的基地能够控制这些数量庞大的空雷，只要能对这些空雷改写敌我识别程序的话，哥格舰队就会被自己布下的雷阵轰成宇宙尘。现在的问题是，在基地附近的陨石群中有着数量庞大的守备部队和传感器，只要惊动他们，潜入基地的计划就会彻底失败。因此，诺班克让天使之翼装上由盟友鬼族（Ghost）提供的隐形系统，以及派出操作这套系统的甜水指挥官（SweetWater）协助完成这次任务。 甜水指挥官那冷冰冰的外表与谈吐实在是让马库斯很扫兴，而天使之翼还未适应新系统导致每隐形五分钟就要现身充电的问题则更让他感到恼火。不过作为一名指挥官，马库斯并不能让私人问题影响大局。在研究过通往哥格基地的导航点，以及这里的敌人巡逻部队、传感器分布后，马库斯决定让天使之翼按照导航点1、11、14的线路来航行，然后在14往17的中途转向直奔基地。航行中马库斯一直小心翼翼，及时让天使之翼停在陨石背后对隐形系统进行充电。最终，天使之翼静静地驶近哥格基地，然后让天使通过突击队带入基地进行空雷改写计划。
当改写完成时，哥格一支大型舰队刚好抵达，这真是撞到枪口上了。哥格舰队被自己的空雷炸得差点全灭，剩下的舰只基本上没有是完整的。不过，天使之翼现在被困在陨石群中，而马库斯刚刚得知那不可靠的隐形装置就是甜水指挥官她自己，甜水指挥官也因精力耗尽而不能发动系统，这下要突破封锁真是困难重重。正在马库斯无计可施时，一直从隐形状态中出现的大批鬼族舰只救了他和天使之翼。这些神秘的盟友一直在秘密确保任务顺利完成，而他们舰上那些可怕的重型激光很快就把敌人所有舰载设备如数击毁，天使之翼在这种情况下轻易就赢得了战斗的胜利。
Titan
2112年9月12日
马库斯成功地阻止了哥格舰队的到来后，这为人类舰队休整作出了极大的贡献。根据战后的资料统计，若然那支舰队没有被奇袭摧毁掉的话，诺亚的舰队面临的就只有覆灭的命运。但危机已经过去，通过重整的舰队将会对敌人的重型要塞泰坦空间站（Titan Station）发动攻击，马库斯也有幸被“获邀”参加这场由诺班克领导的大战。
舰队启动行星引擎，朝泰坦空间站进发。当脱离亚空间后，马库斯发现只有天使之翼成功地来到预定位置，其它舰只都不见了。舰上的科学家和天使很快就知道了问题所在：泰坦基地上装有行星引擎屏蔽器，所以只有天使之翼才能成功抵达，泰坦的护盾没有升起以增强屏蔽器的信号就很好地证明了这一点。
看着目前形势对天使之翼明显不利，马库斯便马上让天使之翼启动隐形系统。经过调整，天使之翼现在已经不需要每五分钟充能一次了。隐形系统为马库斯争取了一点思考的时间，他决定用舰载炮艇去摧毁泰坦上面的屏蔽器。三架小型炮艇的凭空出现让哥格舰队措手不及，泰坦上面的屏蔽器被成功破坏。几秒过后，诺班克坐着他的新旗舰连同部队赶来了，双方开始进行激烈的舰队战。
正打得难分难解之际，舰队中突然传来一个惊人的消息：诺班克的旗舰被敌人攻城激光击中，诺班克少将失踪了，整个舰队的指挥权再次落入马库斯的手上。这也许就是命吧，马库斯心想。他在得到指挥权后，马上下令两艘战列舰上的能量鱼雷集中火力破坏太空站的要塞护盾，而其它舰只则继续对敌舰进行缠斗。当要塞护盾过载后，马库斯便让所有舰载战机前往要塞破坏护盾产生器，各消灭掉敌战舰的部队则用鱼雷或长程火炮轰击太空站。在马库斯高超的指挥能力领导之下，泰坦空间站陷落了。 The Mechanoid
2112年10月2日
在与哥格人的数场战斗中取得胜利后，马库斯的战功再让一艘巡洋舰雪崩号归入他的舰队当中，而双方开始协议停火并准备进行谈判。不过，整个哥格帝国是由多个氏族所组成，即使是皇帝要签署和平协议，他属下的氏族也未必会答应。尽管如此，双方依然在积极地谋求和平共存。现在先把哥格人的问题放到一边，甜水指挥官向马库斯报告说，鬼族的侦察舰在一个哥格人势力范围内的星系中发现了一个停止功能的吸能者，她相信天使对此会很感兴趣。为了一探吸能者的秘密，马库斯立刻下令舰队出发。 鬼族真是天生的侦察兵，他们的情报准确无误 ，马库斯很快就发现了那个静止的吸能者。载有扫描仪的布鲁图斯号在接到命令后就驶近吸能者进行资料搜集。结果表明，吸能者是由纳米机械组合而成，这种机械集合物能够变成基乎所有形状，而现在它的能量水平之低让天使有信心能够控制它。尽管马库斯极不情愿，但最终还是允许将天使传送到吸能者处，天使在进入吸能者内部不久后开始变得语无论次，这时一支大规模哥格舰队赶来，情况对天使舰队变得极为不利。
幸好在与敌舰直接交火前，天使总算清醒过来了，她还利用吸能者的机能对敌舰进行控制。在吸能者强大的力量下，哥格人的舰只不是引擎停止运作，发电机组过载，就是用行星引擎直接送走或短时间内由马库斯操纵。在舰队坚持了十分钟后，吸能者终于从战斗中吸取了足够的能量而开始活动，马库斯迅速下令停火并且离开哥格舰队，让苏醒的吸能者对付他们……
The Locust
2112年10月5日
甜水指挥官再次向马库斯报告，另一个停止活动的吸能者被发现了。看来这星系不喜欢狩能者，要不就是这里隐藏着什么秘密。事不宜迟，马库斯下令舰队马上出发。
当抵达目的地后，马库斯从远处看到一群像小型战机般的东西围着那停止功能的吸能者飞舞，而天使认得中间那吸能者就是上次把哥格舰队全灭的那一个。尽管难以置信，但事实告诉马库斯，眼前这个吸能者从技术角度来讲已经是死了。究竟那些小战机用什么办法把吸能者杀死？马库斯刚想让天使之翼上前调查，甜水指挥官发现那些东西其实是活生生的生物，而那些东西也因为发现了天使舰队正以高速接近各舰只！ 面对这些奇怪的生物，马库斯下令全舰队向那死掉的吸能者靠近，然后所有战斗机保护各自的母船。布鲁图斯号则趁着敌人攻击的空档对这“死掉”的吸能者进行数据采集。那些奇怪的生物看来分为两个品种：一个会依附在护盾上吸收能量，一个则在护盾消失后用离子团对破坏舰上的设备。在抵抗了数波进攻后，布鲁图斯号发现34公里外有极高的能源反应，同时敌人攻击停止，看来这些生物的母船已经离去。当众人静下来准备研究这个死掉的吸能者时，天使却做出一件让所有人十分惊讶的事：把这个吸能者的尸体与天使之翼融合。 The Siege of Avalon
2112年10月17日
哥格人那边传来要求签署和约的消息，多次大难不死的诺班克已经成为了中将，这项和谈的工作自然是交由他去负责。不过，这怕死的家伙恐防敌人有诈，把大部队都调动到他那里一同前往，留下一个空虚的新要塞阿瓦隆（Avalon）。为免敌人偷袭，诺班克让晋升为少将的马库斯与他的天使舰队赶回要塞，若是风平浪静的话，马库斯与他的舰队成员便可以好好休息；若是敌人来犯的话，马库斯就要肩负起防守的使命。
马库斯看来就不会是个有空闲的人，当大部队离去后，一支哥格舰队就来到了阿瓦隆要塞，而且，敌我的比例是一比三。这看上去是一场无可能打赢的仗，甜水指挥官劝马库斯撒退，天使也计算出这场战斗用常规打法的胜率极低。不过，天使提供了非常规的战术给马库斯：通过吸收吸能者的尸体，天使已经能够成功地创造出一个吸能者的能量矩阵，尽管没有实体，但依然威力强大，不过，这需要消耗大量的能源。
知道这一办法后，马库斯让全舰队退到阿瓦隆的要塞护盾内对敌人开火，然后派天使制造的吸能者矩阵出去打击敌人，破坏对方的攻城激光阵型。凭着大容量电池和大功率发电机组，天使之翼多次派出能量矩阵进行攻击，哥格舰队最终被全歼！
Peace Negotiation
2112年10月23日
诺班克签的那些停火协议看来没多少效果，哥格人内部也因为主战派和求和派相持不下。不过哥格皇帝已经决定进行全面的和谈，对方的要求是只派出一艘舰只去一个没多少人知道的星系进行谈判，而哥格人要人类派出的代表也定了：马库斯。看来马库斯精明的战术头脑与高超的作战技巧已经赢得了这些尚武种族的尊重。双方约定在一彗星附近进行谈判，马库斯自知责任重大，因为他现在已经是代表全人类的大使。 在充满各类气体与尘埃的彗尾内，马库斯会见了哥格一族的皇帝刹度克（Zatuk），马库斯先用哥格人喜欢的“某某儿子”之类的方式向对方问候，刹度克也向马库斯用“来自克伦威尔氏族”的方式问候。这是个不错的开始，马库斯心想。三个小时过去后，传感器突然侦测到大量哥格舰只接近，马库斯正在怀疑自己是不是中了圈套，但刹度克却说连他自己也一无所知，看来这位哥格皇帝被人背叛了。
既然如此，马库斯便和刹度克并肩作战，而一直潜伏在附近的四艘鬼族战舰的出现也帮了马库斯很大的帮。马库斯下令保护皇帝的战舰战啸号（Warcry），然后让鬼族战舰上那些强力激光摧毁敌人的武器发电机组，天使之翼则一边攻击一边放出能量矩阵攻击敌人。在多方配合下，来袭的哥格舰队被全灭，刹度克佩服马库斯的勇气和智慧，同意和人类结成联盟！
The Locust Queen
2112年10月25日
甜水指挥官向马库斯传来了一个坏消息：她收到求救信号，是从一鬼族舰队发来的。鬼族向蝗虫女皇（Locust Queen)，蝗虫一族的母船发动攻击，但却被打败了，她请求马库斯马上出发去拯救她的鬼族朋友。马库斯听得一头雾水，直到他搞清楚所谓的蝗虫族就是上次遇到的那些把吸能者击败的宇宙生物。马库斯不满鬼族自作主张，在未得到抑制吸能者的办法之前就要把这个关键种族消灭，但是盟友有难，马库斯又怎能坐视不理？ 有了上次的经验，马库斯让舰队装备上最先进的防空系统和战斗机组，然后出发前往鬼族舰队最后传来消息的星区。刚抵达，甜水指挥官发现他们还是来迟了一步：鬼族舰队的残骸在太空中漂浮，周围是飞舞的蝗虫族，不远处有一巨大的昆虫状生物在蠕动。马库斯见此怒火中烧，他马上下令各舰载战机出发保护各自的母船，然后，他开始指挥舰队跟中央司令室派来支援的守护者号（Guardian）战列舰组成攻城激光阵型，向那巨大的女皇发动攻击。那些小型蝗虫在女皇受到攻击开始向天使舰队飞去，不过，各舰上的防空系统与战斗机群早就在等着它们。当女皇被攻成激光打至重伤时，天使便让马库斯停火以免整只女皇被彻底摧毁。马库斯让布鲁图斯号上前采集数据，几分钟后，天使兴奋地宣布，她已经发现了蝗虫族抑制吸能者的秘密，对抗吸能者的新式武器很快就能制作出来。 Alpha Gate
2112年11月21日
诺亚的科学家彻底地研究了蝗虫女皇的尸体，他们很快就制作出对吸能者新式武器，并形象地称之为夺能蚊（Energy Skeeter），这种武器能够强行把吸能者个体的能量抽离，让它停止活动，尽管并不能摧毁吸能者的实体，但起码抑制的目的达到了。天使之翼装了这一新武器的试作型，再加上天使之翼吸收了吸能者的残骸并模拟了它的某些特性，回到太阳系再也不是一个自杀式任务。不过，随着华卓人对吸能者恐惧的加剧，他们对天使和天使之翼也越发不信任。马库斯相信他们最终会摧毁天使与天使之翼，这是马库斯决不允许的，因为天使是对吸能者战争胜利的核心！为此，马库斯的好友前往华卓人的母星商讨天使以及吸能者的问题。至于马库斯，在得到新武器后开始向华卓人申请通过阿尔法门（Alpha Gate）回到太阳系，但一直被拒绝，直到华卓人与诺亚的联系被中断。诺亚基地很快就派出侦察船前往阿尔法门调查，但是同样失去联系。因为阿尔法门的防卫关乎诺亚的安全，中央司令最后还是派马库斯的天使舰队前往调查。 舰队从远处就发现了被摧毁的侦察船，还有几个静止的吸能者！看来吸能者已经成功能过太阳系那边的虫洞来到诺亚星系。守卫在阿尔法门附近的两座华卓要塞以及三艘战舰都对天使之翼的无线呼叫毫无回应，看来他们已经被吸能者的AI入侵。为了搜集情报，马库斯让布鲁图斯扫描三艘华卓人的战舰看看是否可能找出吸能者下一步的目标，而其余舰只则护卫布鲁图斯和留意那些静止的吸能者。 当布鲁图斯开始接近华卓战舰时，对方开始发动攻击，吸能者看来已经成功地控制了武器系统，但出于某些原因，驾驶系统还未被侵入，因此这些战舰还未能行动。尽管华卓战舰那些没有针对性的炮火对天使舰队威胁不大，但是攻击的能量却激发了那些静止的吸能者！马库斯下令各舰用新式武器对抗吸能者，实战证明新武器有效！但是，吸能者慢慢懂得利用华卓舰上的炮火为自身补充被吸走的能量，看到这一点，马库斯在等到布鲁图斯完成扫描后便下令全舰利用行星引擎撤离。
天使通过分析采集得来的数据，得出一个让华卓人恐慌的结论：吸能者下一个目标正是华卓人的母星系。 Mechanoid Invasion
2112年11月24日
据报，阿尔法门那三艘被入侵的华卓战舰已经启程前往通向华卓主星系的虫洞，在那里，现时只剩下华卓的星门空间要塞（Star Portal）。星门的华卓守军希望诺亚能派兵支援，中央司令自然是把这项重任交托给马库斯，同时，战列舰守护者号也再次加入到天使舰队当中。
星门要塞的华卓人在看到己方三艘被侵入的战舰正向要塞驶近显得很惊慌，马库斯下令让守护者号与众舰形成攻城激光阵型向对方展开攻击，舰上的炮艇则出发摧毁敌人舰上的设备。不过，华卓战舰冷不防派出禁卫军战机突袭要塞，要塞在面对这些自己制造出来的强大战机无能为力，最终被战机上那些由吸能者AI所控制的猛禽部队占领。既然要塞已被占领，那么摧毁它阻止那些被侵入战舰通过虫洞便是首要任务。这时，对方最大型的城市级战舰平静号（Serenity）上发出了求救信号，马库斯便让突击部队前往营救。
突击队在敌舰的控制室上找到了一名华卓人，这可怜的生还者因为直接与控制仪联系，在面对吸能者AI的入侵时显得痛苦万分。突击队把他与控制仪的连结中断，然后将他带回天使之翼上，马库斯看到已经把生还者救回来了，就下令摧毁平静号和星门要塞。
The Fall of The Vardrags
2112年12月13日
马库斯才刚开始庆祝自己阻止了一场吸能者对华卓人的入侵的战争，便收到中央司令传来的消息：华卓主星系传来了一系列断断续续的信号，因为它极不完整，因此暂时还未知道那边发生了什么事。不过，这些信号实在太让人担扰，因此，马库斯接到命令，立即能过虫洞前往华卓人的主星一探究竟，并且将在那里展开外交工作的大使，马库斯的好友罗布（Rob）平安地带回来。
穿越虫洞后，这里的景像让马库斯惊呆了：吸能者已经来到这里了，而且，不光是吸能者个体，还有那可怕的黑月以及被侵入的华卓战舰。“它们是怎样来到这里的？！”马库斯心中一震，这时甜水指挥官注意到黑月背后那个奇怪的虫洞，天使认为那就是问题的答案。马库斯便让舰队迅速摧毁被侵人的华卓战舰，然后让布鲁图斯前往调查，其余舰只集结到外交大使罗布所在的太阳骑士号战舰（Sun rider)协助防御。当布鲁图斯完成扫描后，天使发现这个看似虫洞的空间裂缝实质上是没有出口的，它通向的是亚空间，这证明“实体”，人们对吸能者AI的称呼，已经获得足够的能量利用亚空间去它想去的任何地方。这绝对是个可怕的消息，为了研究对策，天使要求布鲁图斯对黑月，这个球状的实体分身进行扫描。 通过扫描，天使得到了进一步的资料：这个实体球是由数千的吸能者组成，它的任务是征服个星系并将它合并到实体当中，实体的本源则在亚空间中监视着这一切。 在得到所需的资料后，马库斯知道华卓主星的沦陷已成定局，便下令舰队离开这里。
Bridgehead
2113年1月13日
自从在华卓主星回来后，马库斯一直在问自己：究竟这一切是不是真的？一个人工智能居然拥有强大到能够跨越无数光年去征服整个宇宙的能力，这简直就像神，不，这人工智能已经成为神了。在华卓人受袭后，哥格人也遭到了实体派出的吸能者袭击，尽管他们很勇敢，但哥格人面对的是那些可怕的吸能者，因此最后结局也只能是惨败。值得庆幸的是，华卓人与哥格人终于放弃了多年以来的敌对，跟人类联合起来成为对抗吸能者的同盟，这是一个好的开始。不但如此，天使已经协助科学家们制造出反吸能者护盾，并将其装在诺亚的六艘支援舰上。这种护盾展开后能防卫直径一百公里的区域，所有进入防区的吸能者个体的能量都会被抽离，然后其物质部分则会被还原成纳米状态进而消灭它们。这护盾让人们不再惧怕吸能者，是取得胜利的极大保障。 经过与天使的长时间接触与交流，马库斯终于得知天使并非完全是人类所创造的AI，她是一个名为创造者（Creators）的种族埋藏在天使之翼内的AI种子，是与剑锋组织的研究AI天使合体而成。创造者建造天使之翼与天使，就是为了让她成为对抗实体的武器，但天使现在还未够强大！因此，三个种族的联合舰队准备对实体的新能源基地：太阳系发动奇袭，让天使能够乘机混入亚空间直接跟实体对抗。这场战斗的舰队指挥官，将由马库斯所担任。
马库斯的天使舰队连同载有反吸能者护盾的巨人号作为先锋实验部队重回了太阳系。通过阿尔法门，舰队来到了冥王星，主权者二号基地的所在。在这里的的静止吸能者在感到天使舰队的到来后渐渐开始活动，马库斯下令全力压制这些吸能者直到巨人号上的反吸能者护盾充能完成。几经努力后，舰队顶住攻击，成功地展开了护盾。那些护盾内的吸能者，无论是活动的，还是静止的，都被护盾一一分解。 正当马库斯想松一口气时，主权者基地附近的炮台突然向舰队瞄准，马库斯刚让天使进入主权者基地解决掉这些炮台，却发现基地的空气闸打开了，从里面驶出一艘不明飞船。这艘飞船刚离开基地就马上不见了，这不是隐形，是彻底的消失。众人正猜测它逃到哪里时，那飞船却带着另外两艘相同的飞船突然出现并发动攻击，而且它的炮火无视护盾的存在！马库斯只好让舰队提高警觉，打击随时会出现的敌人。 当三艘神秘战舰都被摧毁时，马库斯通知虫洞另一边的各分舰队可以继续通过执行各自的任务。
Blockade Breakers
2113年1月15日
各舰队在顺利进入太阳系不久后，总部便与其中三支舰队失去联系。据那些舰队最后发回来的消息，他们的反吸能者护盾好像失去了效用。总部很担心一旦护盾失效，那整个地球解放与对抗实体的战争就会失败。不过，天使明确表示护盾并没有失效，只不过是有一个小型的实体球放出的控制力场抵消了支援舰上的反吸能者护盾。而经过计算，这个小型实体球被确认在火星附近，天使说只要利用她制造的四个中断器，就能屏蔽掉实体球放出的力场。最后的作战计划，就是让天使之翼与两艘鬼族战舰利用自身的特性潜入实体球附近安装中断器，当中断器启动后，就可以让舰队进入并消灭实体球。 来到火星附近后，天使之翼与鬼族战舰打开隐形系统开始向各个导航点前进。马库斯在陨石群中发现了那些属于失踪舰队的战舰，其中包括诺班克中将的旗舰巴刹沙号（Balthasar）。看到巴刹沙号，让马库斯想起那艘被吸能者入侵的华卓战舰，“或许，诺班克依然生存……”一想到这点，马库斯就下令毁灭所有舰只，留下巴刹沙号。然后让鬼族把巴刹沙号上所有武器摧毁让它不对舰队构成威胁，再让突击队登舰搜查。突击队在会议室找到了诺班克，不过他看来已经歇斯底里了。在将他击昏后，突击队带回了这个可怜的准将。
当四个中断器都布置好后，实体球的控制力场消失了，舰队终于能够进入这一区域。马库斯让所有载有对吸能者武器的战舰向实体球靠拢，特别是那艘全舰夺能蚊配置的扑灭者号（Exterminator）战列舰。在大量反吸能者武器的攻击下，巨大的实体球终于瓦解了。
The fight for Earth
2113年1月16日
在最终决战前，天使来到了主权者二号基地，她利用她的新能力破解了创造者留下来的信息，这一切的开端：很久以前，创造者的科技已经极端发达，天使之翼也是他们的作品之一。不过，当他们开始创造一种能够自我进化的AI后，创造者便遇上了麻烦：他们的被创造物不再受其控制。这个强大的AI不再满足于电脑网络，它就继续进化下去，因此它入侵了创造者的社会并控制了一切。当时有少数创造者利用天使之翼的亚空间航行能力逃到了太阳系。他们在冥王星建立了基地后，便开始制订一项伟大计划：用AI去对抗AI。
创造者开始秘密地干预地球人的社会与科学发展，让地球人发展自己的AI，然后再在冥王星的基地立埋下创造者所制作的AI种子，等待某一天人类创造的AI到来。事情就像创造者设想的一般，剑锋组织发现了冥王星基地，并带去了研究AI天使。当创造者留下的AI种子遇到天使后，两者便合二为一了。
现在，已经到了最后关头，天使需要人类的帮助去对抗实体；人类也需要天使的帮助夺回家园！马库斯的舰队已经来到了地球，尽管这里到处漂浮着吸能者，但在护盾的作用下已经不构成威胁。舰队真正要面对的，是由实体所控制的各类战舰。马库斯让天使之翼加速赶到中转站，让天使利用它进入地球的网络对抗实体，然后跟各舰只一起摧毁那些地球战舰。当最后一艘地球战舰被毁后，由实体创造出来的虫洞中开始驶出了被控制的哥格舰队。为了避免装载了反吸能者护盾的的巨人号被毁，马库斯让它远离战场，然后各舰只开始在攻击哥格舰队的同时向虫洞附近移动。不过，因为实体虫洞的吸收特性，马库斯让各舰对虫洞保持距离。在消灭了第一波哥格舰队后，接下来的是装备了大威力导弹的诺亚舰队。幸好马库斯早就让各舰守在虫洞附近，因此当敌人的护盾尚未展开时，密集的炮火已经将其扼杀。
这时哥格皇帝的旗舰战呼号与一艘华卓战舰也先后加入对抗来袭舰队的行列，在再次击退一支哥格舰队与华卓舰队后，众人发现一个巨大的能量球从地球升起，然后冲进实体创造的虫洞。天使此时也回到了天使之翼上，她告诉马库斯，实体已经逃回亚空间，她已经准备好最后的战斗。
The nexus
2113年1月16日
能够在亚空间航行的，就只有天使之翼。因此，马库斯下令让众战舰留在地球防守，然后带领船员进入实体虫洞，亚空间的入口。在进入后，天使告诉马库斯，她依然在跟实体对抗，但是，实体依靠五个虫洞从各星系中汲取力量，为了断绝它的力量来源，天使需要马库斯利用天使之翼舰上的破坏器将虫洞锁住。另外，天使还提醒马库斯，先万不要接近黑洞。
大副为天使之翼设置了一系列能够安全通往各虫洞的导航点，马库斯就让天使之翼先关闭身后那通往地球的虫洞，再向其它虫洞进发。但是，当虫洞关闭后，实体让一艘华卓战舰进入亚空间阻止马库斯的行动。尽管华卓战舰体积大于天使之翼数倍，但这并不等于天使之翼会输！双方互相射击了不知多久，华卓战舰终于被破坏，然后被黑洞强大的吸引力撕成碎片。
在解决最后的障碍后，马库斯让天使之翼沿着导航点来到各虫洞并关闭它们，当最后一个虫洞关闭后，天使终于能够成功入侵到实体内部。此刻，马库斯知道自己已经不能再帮上忙，就让天使之翼马上离开亚空间。
随着实体的毁灭，这场被称为“木星事件”的空间大战终告一段落。许多人都认为天使连同实体一起，随着亚空间一起毁灭了。但是，马库斯并不这样认为，他来到英国的巨石阵，那个天使选择的地方。空间在马库斯到达后开始出现裂缝，从里面出现的，是获得了实体力量的新的天使。她告诉了马库斯许多帮助人类继续发展的知识，然后，出发去执行她的最终使命：彻底毁灭所有的人造神
2112年6月1日
根据从主权者基地所得来的情报，那里关于外星科技的研究只是一个小计划，真正的研究是在位于冥王星区域的主权者二号基地（Shukenja Beta）进行的。当前木星与冥王星的距离正处于最遥远的位置，用传统的飞船，要抵达那里将会耗时四年之久，但是，公司手上现在有天使之翼。从现在开始，马库斯的舰长一职将从短剑号改为天使这翼，短剑号上的全体船员也跟着马库斯一起驾驶天使之翼。不但如此，总部还派出一名叫鲁道夫（Rudolf Veltman）的科学家随舰出发，领导舰上的科学组。
能够亲自指挥这艘美丽的战舰，马库斯的心情自然是十分兴奋，当启动舰上的星区引擎进行长途旅行时，马库斯感到舰外的景色都是那么奇妙而神秘。不过，马库斯也不得不要面对这样的问题，究竟这艘神秘的战舰，是由谁所建造的？他们有敌意吗？
凭着新型引擎，马库斯一行只用了数周就抵达了冥王星区。随着跟主权者二号的距离续渐缩短，马库斯发现了这地方除了主权者二号基地外还存在着别的东西：一个虫洞和一个前所未见的人造物体！“虫洞！”新来的鲁道夫对此兴奋不已，而大副则对那个没有任何能量、生命反应的不明人造物体表示密切关注。按照距离远近，马库斯让天使之翼先去调查这个奇妙的虫洞。鲁道夫看着扫描报告，惊讶地发现这个虫洞跟60年前在火星崩溃的那个是一样的。鲁道夫十分希望能够穿越它一探另一边的世界，不过，马库斯不允许这样做。在马库斯心中，他父亲与数以千计拓荒者的集体失踪已经与虫洞划上等号。
天使之翼把目标转向不明物体，大副的报告说这奇怪的东西对舰上的扫描光束有反应，询问是否继续。马库斯让他继续扫描，得来的结果让马库斯与鲁道夫很不解：该物体由未知金属构成，无任何明显的设备特征，但却能够吸收所有指向它的能量。面对这个一动不动的物体，马库斯还是决定先把它放着不管，让突击队进入主权者二号基地进行搜索工作。
突击队在登陆后不久，便遇到猛烈的攻击导致全灭。马库斯还未来得及作出任何表示，那不明物体却突然变成一团耀眼的光球，并向天使之翼发动攻击！那团光球只是一击便破坏了天使之翼舰体的20%，同时星区引擎也被打坏了，正当马库斯无计可施时，主权者二号向天使之翼传输了一段不明的数据，舰上的电脑马上开始自动运作，启动了天使之翼上的护盾挡住了不明物体的第二击。舰上的监视器显示出一个自称为天使（Tenshi/Angel）的AI影像，她告诉马库斯千万不要还击，尽管现时护盾系统已经开启，但也只能撑一小段时间，现在的唯一机会就是穿过虫洞逃离这里。
马库斯看着舰外那不断在周围移动的神秘能量球，感到别无选择，只能让天使之翼把引擎的输出功率提升到200%，向虫洞冲去……
Raptor Raid
2112年6月20日
当马库斯穿过虫洞时，脑海中不断闪出无数的念头：他会在这宇宙的另一方遇到什么？朋友？敌人？天使之翼的制造者？还是天堂？但当天使之翼从虫洞的另一端出现，并被数量庞大的未知舰只包围时，马库斯也只能想到“外星人”这三个字，直到他看到最接近的一艘舰只上面的舰名：马可波罗（Marco Polo)……
马库斯从未想过当年那场被称为诺亚大灾难，导致他父亲与数千名拓荒者失踪的探索计划事实上居然成功了！尽管60年前火星轨道上的虫洞崩溃了，但诺亚方舟事实上已经来到了宇宙的另一端。虽然与地球彻底断绝了联系，但马库斯的父亲理查德还是用毕生的精力带领部下在这个被命名为诺亚的陌生星系建立起一个庞大的，自给自足的殖民地。而在这里，诺亚的人民遇到了一群拥有极先进科技的神秘外星民族：华卓人（Vardrags）。这些外星人与诺亚人民结成了联盟：华卓人提供技术支援帮助人类在这个星系生存、发展、扩张，作为回报，人类必需作为华卓的雇佣军，替他们跟第三个民族：哥格人（Gorgs）开战。真是讽剌，人类总是希望能找到一个乌托邦，但等来的，往往只有新的战争。
尽管华卓人和哥格人素来不和，但开战的导火索还是因为许多年前联接双方那庞大国土的虫洞连结突然崩溃，哥格人认为华卓人拥有这样的技术，并因此宣战。但实际上，华卓人却发现导致虫洞崩溃的真正原因却是那些被称为“吸能者（Mechanoid）”的超级AI“生物”，也就是那个在主权者二号袭击天使之翼的不明物体。“又是AI吗？”马库斯回想当初那名为天使的AI的出现，以及她保护天使之翼免受吸能者攻击的经历，这两者有关吗？
带着各种疑问，马库斯受邀乘着天使之翼跟随一队货船以及护抗的驱逐舰前往诺亚星区的主殖民地诺亚空间站（Noah Station），马库斯父亲最大的遗产。当马库斯怀着复杂的心情等待着抵达目的地时，整个舰队突然从亚空间回到正常宇宙，除了天使之翼外，所有舰只的行星引擎全都要重新充能使用，这需要十分钟。驱逐舰的舰长告诉马库斯，华卓人拥有这种让行星引擎停止运作的军事科技，但却不知道为什么对他们使用。就在此时，不远处出现了大批的敌人，经确认这是华卓人利用基因与生化技术制造出来的杀手猛禽部队（Raptors），据闻最近有一部分猛禽脱离了华卓人的控制成为海盗，看来便是来者。无论如何，迎击敌人为货船争取时间是首要任务，因此，马库斯便下令让天使之翼跟驱逐舰铬合金号（Chrome）一起夹击敌人。
因为之前已经听过那些外星种族的科技中也有着能量护盾技术，所以马库斯起行前便已经命人在天使之翼上装上能量炮弹（Energy Shell），这时新式武器便发挥作用了。马库斯让天使之翼的武器系统能量输出提升到200%，然后与铬合金号一起不断用能量炮弹对敌舰进行猛烈轰炸，当敌人护盾过载时就用对舰炮火将敌人摧毁。如此这般，整个舰队撑过了这艰难的十分钟，并且成功地启动行星引擎脱离此地。不过，到最后才发现，一艘叫“肥阿姨”（Fat Lady)的货船还是被猛禽部队劫走了。
The Chase
2112年6月23日
当马库斯来到诺亚基地后，接见他的是诺班克少将（Rear Admiral Norbank）。作为诺亚星系防卫舰队的指挥官，诺班克的语气自然是目中无人了点。还未等马库斯安顿妥当，少将就已经指派了一项任务给他：利用天使之翼的高速度跟舰队中的两艘驱逐舰一起去拦截正前往未知虫洞的“肥阿姨”号货船，然后利用华卓人提供的舰载炮艇“禁卫军”（Praetorian Gunboat）破坏货船上的引擎。诺班克少将会乘坐他的旗舰罗马号（Rome）前往支援。
三艘战舰利用行星引擎很快便追到了肥阿姨号所在的区域，两艘驱逐舰便决定去追击那些猛禽海盗，把追击肥阿姨的工作交给马库斯。尽管失去战斗的乐趣，但马库斯还是下令全速追上肥阿姨号。正当离目标距离越来越近时，三艘猛禽战舰突然出现在天使之翼前，而己方两艘驱逐舰顿时音讯全无。马库斯看对方来势汹汹，立刻让舰上的禁卫军炮艇出击摧毁肥阿姨号上面的主副两个引擎，天使之翼则与三艘敌舰进行缠斗。
很快，炮艇部队完成了他们的任务，肥阿姨号停下来了。见此，马库斯迅速将他们召回，然后命令禁卫军攻击三艘敌舰上的护盾产生器。不得不说，华卓人提供的这些高速战机的性能实在优秀，在他们的配合下，天使之翼很快就全歼了三艘敌舰。不久后，传感器侦测到数个不明信号，正当舰上众人以为是失散的驱逐舰和增援部队时，监视器却显示出来者全是海盗们的战舰。幸好，诺班克少将这时也赶到了……
Back to Earth
2112年7月14日
在回到诺亚基地后，马库斯收到了诺班克少将自己亲自去处理猛禽海盗的消息，同时，诺亚基地派回太阳系的两个探测器以及一艘驱逐舰威斯克斯号（Whiskers）同时失去了联系。地球的状况实在是让人担忧。见此，马库斯自告奋勇要求重回太阳系搜集情报，司令部也不得不同意他这个提案。理由很简单，若然太阳系真的被吸能者入侵了，天使之翼是唯一有能力逃出该区的战舰。
通过虫洞后再经过数周的航行，天使之翼已经来到了月球的背面，不过，月球的背面突然多出一个黑色的月亮！这个躲藏在月球背后的黑月就如同死神一般可怕，尽管它目前一片死寂，但天使指出，这球体就是吸能者们的护输舰！目前的沉寂可能只是因为吸能者都在地球上，看来地球已经是劫数难逃了。天使提议利用太空中的转播站进入地球上的网络一探究竟，马库斯只好同意。
就在天使刚离开的时候，地球方向出现了三艘战舰，其中便有失踪的威斯克斯号，不用说，这三艘战舰已经被吸能者控制了。敌人射出的飞弹摧毁了转播站，天使是否能够回来变成了最大的问题，但是眼前还是有敌人需要解决。在激战当中，天使之翼收到了来自敌方剃刀号战舰（Razor）的求救信号，船上还有人生还！一想到这点，马库斯便下令先消灭其余两艘舰，然后将剃刀号打成失控状态，再派突击队救回一名生还者。
在救到人后，跟天使约定的十分钟期限也快到了。马库斯立刻让天使之翼驶近同在该区的北极星太空站（North Star），就像奇迹一样，太空站上依然有人生还。通过无线电与太空站上的技术员联系，马库斯得知地球上所有的网络与机械设备都被一种极具攻击性的病毒入侵，然后开始控制地球上的一切生命。当众人正在研究地球上的状况时，天使之翼被突然出现的五个吸能者包围，幸好天使如期出现，并利用她的力量带领天使之翼安全离开。 Raptor Genocide
2112年8月4日
通过跟获救的生还者们交流，诺亚的科学家意识到这些无机生命：吸能者并没有自己的意识，它们只不过是一群被称为“实体”(Entity)的像神一样存在的超级AI的工具。实体，这究竟是什么？拥有连华卓人都谈其色变的可怕能力的AI？这世界真的有这种可怕存在吗？马库斯决定先不去管它，因为以目前的能力，夺回地球简直就是死路一条。目前诺班克少将正带领舰队对猛禽的海盗基地进行总攻，马库斯也是其中一员。“先解决眼前的战争吧”，马库斯想。
诺班克少将在战场的表现只能用兴奋二字来形容，尽管华卓人的大使一再提醒要小心那些海盗，但诺班克根本就不将他放在眼内。眼见海盗的舰只越来越少，诺班克正洋洋得意时，冷不防从海盗基地射出来的两枚导弹把他吓了一跳。这两枚导弹就像利箭一般正中诺班克的旗舰罗马号以及另一艘战列舰雅典号，防空系统对它全无反应，就连护盾也阻挡不了。两艘战列舰开始发生猛烈爆炸，那自负的诺班克也不得不下令弃船。失去了最高指挥，剩余的舰只就变成由马库斯全权控制了。马库斯让大家集中火力全力击破敌人剩下的舰只，这其中包括一艘母船。华卓大使发来信息指出海盗基地的构建存在缺点，马库斯就下令对海盗基地进行扫描。
基地中那受损的反应堆部件很快就被发现了，这时一艘探索者级的华卓战舰带着大量的禁卫军炮艇赶到，海盗基地俨然已是囊中之物。
First Blood
2112年9月4日
从地球回来后，马库斯便一直在做恶梦，在梦中他总是见到月球背后那个神秘黑月的巨大阴影正在慢慢的笼罩整个宇宙。华卓人出于对吸能者的恐惧，已经把通往太阳系的唯一虫洞彻底封锁起来，即使是天使之翼也不能接近。从此，地球便与诺亚再一次失去联系。除此之外，还有个好消息，诺班克少将在那次罗马号的大爆炸中居然可以生存下来，在被授予钻石新星勋章的同时，他还成为了近期对哥格人大型战役的总指挥。马库斯也因为他的显赫战功而成为诺亚星际之鹰舰队众多分舰队指挥官的一员，自此，马库斯旗下除了天使之翼外新增了布鲁图斯（Brutus）与斯巴达（Sparta）两艘驱逐舰，这两艘舰分别由原天使之翼的上的科学主管鲁道夫与马库斯的好友，法兰西斯所指挥。
马库斯这次的任务是保护在主战场不远处的一艘我方支援舰只巨人号（Colossus），这艘巨型战舰拥有要塞式护盾，可以保护直径数公里内的已方舰只。不过，当已方舰只在要塞护盾内时，自身的护盾将会被抵消掉。一同守卫巨人号的还有一艘重型巡洋舰雪崩号（Avalanche）和两艘护卫舰。当六艘战舰环绕巨人号摆好阵势后，哥格人的舰队也赶到了，这些绿皮肤的家伙无论语气还是行为者十足一个地球中世纪的野蛮人。为了给巨人号上面的要塞护盾争取时间，马库斯让各舰只快速上前，以最快的速度毁灭敌人两艘战术驱逐舰战鸟号（Warbird）和毒刺号（Sting）。
当护盾成功启动后，各舰便退回护盾内对敌展开攻击，哥格人见此，便让舰队变动阵型。舰队中马上有人指出这是哥格人对付要塞护盾的手段：攻城激光。这种强力的激光可以穿透像要塞护盾这样的力场，要阻止它就要把在战列舰四周为攻城激光提供能源的舰只摧毁。马库斯听到后便马上让所有舰只集中火力向那些为攻城激光充能的舰只展开攻击，同时破坏它们的行星引擎以免它们逃跑。一场恶战后，马库斯终于可以靠在椅背上松一口气。
Saving the Scout
2112年9月6日
几场战斗下来，双方各有损伤，诺班克不得不让受损的舰只撒退进行休整。不过，这并不代表着马库斯无事可干，正好相反，诺班克那烂人要你在这段时期执行一项救援任务：我军有着专职侦察并提供情报的盟友，但是目前该盟友有一艘战舰被困在小行星带。哥格人为了防止它逃走不但出动了四艘驱逐舰，而且其中一艘上面还载有行星引擎屏蔽器。救援任务，马库斯比较喜欢这个，毕竟救人总比杀人要好。
马库斯率领天使之翼和布鲁图斯、斯巴达三艘战舰进入小行星带。传感器上除了两艘哥格人的驱逐舰外便一无所获。马库斯让舰队先把眼前的敌人解决掉，便利用舰只的机动性将敌人引出小行星带并加以歼灭。当消灭掉两艘驱逐舰后，舰队开始深入小行星带，这时传感器再次发现两艘哥格驱逐舰，还有一个若隐若现的信号源。在舰上的科学家对这种完全隐形技术表示惊叹的时候，天使之翼与其属下的舰只正为了保卫盟友的侦察舰而跟敌人进行激战。马库斯想起敌人载有行星引擎屏蔽器，便利用布鲁图斯上安装的扫描仪对敌人进行设备扫描。很快，屏蔽器被查出装在那艘叫争夺（Contention）的驱逐舰上。
当舰队把最后的敌人解决后，那神秘的盟友终于得以脱离此地。在表示感谢的同时，他还提供了一个极其重要的情报：在这个星系还有一个虫洞。
Sneaking
2112年9月7日
“根据我们盟友的情报，那个被命名为斯塔门（Theta Gate）的虫洞是哥格人用来大规模输送舰队的重要通道，看来他们想用狼群战术把我们的舰队逐出这个星系。”诺班克板着脸对马库斯说，这也难怪，目前多艘大型战舰仍未维修完毕，以现存舰只的数量去跟哥格舰队对抗实在是有点强人所难。但是，诺班克再一次在马库斯和天使之翼上面打主意：哥格人在八号门那里布下了大量的强力空雷，这是他们防范敌人的手段。不过，在斯塔门附近的基地能够控制这些数量庞大的空雷，只要能对这些空雷改写敌我识别程序的话，哥格舰队就会被自己布下的雷阵轰成宇宙尘。现在的问题是，在基地附近的陨石群中有着数量庞大的守备部队和传感器，只要惊动他们，潜入基地的计划就会彻底失败。因此，诺班克让天使之翼装上由盟友鬼族（Ghost）提供的隐形系统，以及派出操作这套系统的甜水指挥官（SweetWater）协助完成这次任务。 甜水指挥官那冷冰冰的外表与谈吐实在是让马库斯很扫兴，而天使之翼还未适应新系统导致每隐形五分钟就要现身充电的问题则更让他感到恼火。不过作为一名指挥官，马库斯并不能让私人问题影响大局。在研究过通往哥格基地的导航点，以及这里的敌人巡逻部队、传感器分布后，马库斯决定让天使之翼按照导航点1、11、14的线路来航行，然后在14往17的中途转向直奔基地。航行中马库斯一直小心翼翼，及时让天使之翼停在陨石背后对隐形系统进行充电。最终，天使之翼静静地驶近哥格基地，然后让天使通过突击队带入基地进行空雷改写计划。
当改写完成时，哥格一支大型舰队刚好抵达，这真是撞到枪口上了。哥格舰队被自己的空雷炸得差点全灭，剩下的舰只基本上没有是完整的。不过，天使之翼现在被困在陨石群中，而马库斯刚刚得知那不可靠的隐形装置就是甜水指挥官她自己，甜水指挥官也因精力耗尽而不能发动系统，这下要突破封锁真是困难重重。正在马库斯无计可施时，一直从隐形状态中出现的大批鬼族舰只救了他和天使之翼。这些神秘的盟友一直在秘密确保任务顺利完成，而他们舰上那些可怕的重型激光很快就把敌人所有舰载设备如数击毁，天使之翼在这种情况下轻易就赢得了战斗的胜利。
Titan
2112年9月12日
马库斯成功地阻止了哥格舰队的到来后，这为人类舰队休整作出了极大的贡献。根据战后的资料统计，若然那支舰队没有被奇袭摧毁掉的话，诺亚的舰队面临的就只有覆灭的命运。但危机已经过去，通过重整的舰队将会对敌人的重型要塞泰坦空间站（Titan Station）发动攻击，马库斯也有幸被“获邀”参加这场由诺班克领导的大战。
舰队启动行星引擎，朝泰坦空间站进发。当脱离亚空间后，马库斯发现只有天使之翼成功地来到预定位置，其它舰只都不见了。舰上的科学家和天使很快就知道了问题所在：泰坦基地上装有行星引擎屏蔽器，所以只有天使之翼才能成功抵达，泰坦的护盾没有升起以增强屏蔽器的信号就很好地证明了这一点。
看着目前形势对天使之翼明显不利，马库斯便马上让天使之翼启动隐形系统。经过调整，天使之翼现在已经不需要每五分钟充能一次了。隐形系统为马库斯争取了一点思考的时间，他决定用舰载炮艇去摧毁泰坦上面的屏蔽器。三架小型炮艇的凭空出现让哥格舰队措手不及，泰坦上面的屏蔽器被成功破坏。几秒过后，诺班克坐着他的新旗舰连同部队赶来了，双方开始进行激烈的舰队战。
正打得难分难解之际，舰队中突然传来一个惊人的消息：诺班克的旗舰被敌人攻城激光击中，诺班克少将失踪了，整个舰队的指挥权再次落入马库斯的手上。这也许就是命吧，马库斯心想。他在得到指挥权后，马上下令两艘战列舰上的能量鱼雷集中火力破坏太空站的要塞护盾，而其它舰只则继续对敌舰进行缠斗。当要塞护盾过载后，马库斯便让所有舰载战机前往要塞破坏护盾产生器，各消灭掉敌战舰的部队则用鱼雷或长程火炮轰击太空站。在马库斯高超的指挥能力领导之下，泰坦空间站陷落了。 The Mechanoid
2112年10月2日
在与哥格人的数场战斗中取得胜利后，马库斯的战功再让一艘巡洋舰雪崩号归入他的舰队当中，而双方开始协议停火并准备进行谈判。不过，整个哥格帝国是由多个氏族所组成，即使是皇帝要签署和平协议，他属下的氏族也未必会答应。尽管如此，双方依然在积极地谋求和平共存。现在先把哥格人的问题放到一边，甜水指挥官向马库斯报告说，鬼族的侦察舰在一个哥格人势力范围内的星系中发现了一个停止功能的吸能者，她相信天使对此会很感兴趣。为了一探吸能者的秘密，马库斯立刻下令舰队出发。 鬼族真是天生的侦察兵，他们的情报准确无误 ，马库斯很快就发现了那个静止的吸能者。载有扫描仪的布鲁图斯号在接到命令后就驶近吸能者进行资料搜集。结果表明，吸能者是由纳米机械组合而成，这种机械集合物能够变成基乎所有形状，而现在它的能量水平之低让天使有信心能够控制它。尽管马库斯极不情愿，但最终还是允许将天使传送到吸能者处，天使在进入吸能者内部不久后开始变得语无论次，这时一支大规模哥格舰队赶来，情况对天使舰队变得极为不利。
幸好在与敌舰直接交火前，天使总算清醒过来了，她还利用吸能者的机能对敌舰进行控制。在吸能者强大的力量下，哥格人的舰只不是引擎停止运作，发电机组过载，就是用行星引擎直接送走或短时间内由马库斯操纵。在舰队坚持了十分钟后，吸能者终于从战斗中吸取了足够的能量而开始活动，马库斯迅速下令停火并且离开哥格舰队，让苏醒的吸能者对付他们……
The Locust
2112年10月5日
甜水指挥官再次向马库斯报告，另一个停止活动的吸能者被发现了。看来这星系不喜欢狩能者，要不就是这里隐藏着什么秘密。事不宜迟，马库斯下令舰队马上出发。
当抵达目的地后，马库斯从远处看到一群像小型战机般的东西围着那停止功能的吸能者飞舞，而天使认得中间那吸能者就是上次把哥格舰队全灭的那一个。尽管难以置信，但事实告诉马库斯，眼前这个吸能者从技术角度来讲已经是死了。究竟那些小战机用什么办法把吸能者杀死？马库斯刚想让天使之翼上前调查，甜水指挥官发现那些东西其实是活生生的生物，而那些东西也因为发现了天使舰队正以高速接近各舰只！ 面对这些奇怪的生物，马库斯下令全舰队向那死掉的吸能者靠近，然后所有战斗机保护各自的母船。布鲁图斯号则趁着敌人攻击的空档对这“死掉”的吸能者进行数据采集。那些奇怪的生物看来分为两个品种：一个会依附在护盾上吸收能量，一个则在护盾消失后用离子团对破坏舰上的设备。在抵抗了数波进攻后，布鲁图斯号发现34公里外有极高的能源反应，同时敌人攻击停止，看来这些生物的母船已经离去。当众人静下来准备研究这个死掉的吸能者时，天使却做出一件让所有人十分惊讶的事：把这个吸能者的尸体与天使之翼融合。 The Siege of Avalon
2112年10月17日
哥格人那边传来要求签署和约的消息，多次大难不死的诺班克已经成为了中将，这项和谈的工作自然是交由他去负责。不过，这怕死的家伙恐防敌人有诈，把大部队都调动到他那里一同前往，留下一个空虚的新要塞阿瓦隆（Avalon）。为免敌人偷袭，诺班克让晋升为少将的马库斯与他的天使舰队赶回要塞，若是风平浪静的话，马库斯与他的舰队成员便可以好好休息；若是敌人来犯的话，马库斯就要肩负起防守的使命。
马库斯看来就不会是个有空闲的人，当大部队离去后，一支哥格舰队就来到了阿瓦隆要塞，而且，敌我的比例是一比三。这看上去是一场无可能打赢的仗，甜水指挥官劝马库斯撒退，天使也计算出这场战斗用常规打法的胜率极低。不过，天使提供了非常规的战术给马库斯：通过吸收吸能者的尸体，天使已经能够成功地创造出一个吸能者的能量矩阵，尽管没有实体，但依然威力强大，不过，这需要消耗大量的能源。
知道这一办法后，马库斯让全舰队退到阿瓦隆的要塞护盾内对敌人开火，然后派天使制造的吸能者矩阵出去打击敌人，破坏对方的攻城激光阵型。凭着大容量电池和大功率发电机组，天使之翼多次派出能量矩阵进行攻击，哥格舰队最终被全歼！
Peace Negotiation
2112年10月23日
诺班克签的那些停火协议看来没多少效果，哥格人内部也因为主战派和求和派相持不下。不过哥格皇帝已经决定进行全面的和谈，对方的要求是只派出一艘舰只去一个没多少人知道的星系进行谈判，而哥格人要人类派出的代表也定了：马库斯。看来马库斯精明的战术头脑与高超的作战技巧已经赢得了这些尚武种族的尊重。双方约定在一彗星附近进行谈判，马库斯自知责任重大，因为他现在已经是代表全人类的大使。 在充满各类气体与尘埃的彗尾内，马库斯会见了哥格一族的皇帝刹度克（Zatuk），马库斯先用哥格人喜欢的“某某儿子”之类的方式向对方问候，刹度克也向马库斯用“来自克伦威尔氏族”的方式问候。这是个不错的开始，马库斯心想。三个小时过去后，传感器突然侦测到大量哥格舰只接近，马库斯正在怀疑自己是不是中了圈套，但刹度克却说连他自己也一无所知，看来这位哥格皇帝被人背叛了。
既然如此，马库斯便和刹度克并肩作战，而一直潜伏在附近的四艘鬼族战舰的出现也帮了马库斯很大的帮。马库斯下令保护皇帝的战舰战啸号（Warcry），然后让鬼族战舰上那些强力激光摧毁敌人的武器发电机组，天使之翼则一边攻击一边放出能量矩阵攻击敌人。在多方配合下，来袭的哥格舰队被全灭，刹度克佩服马库斯的勇气和智慧，同意和人类结成联盟！
The Locust Queen
2112年10月25日
甜水指挥官向马库斯传来了一个坏消息：她收到求救信号，是从一鬼族舰队发来的。鬼族向蝗虫女皇（Locust Queen)，蝗虫一族的母船发动攻击，但却被打败了，她请求马库斯马上出发去拯救她的鬼族朋友。马库斯听得一头雾水，直到他搞清楚所谓的蝗虫族就是上次遇到的那些把吸能者击败的宇宙生物。马库斯不满鬼族自作主张，在未得到抑制吸能者的办法之前就要把这个关键种族消灭，但是盟友有难，马库斯又怎能坐视不理？ 有了上次的经验，马库斯让舰队装备上最先进的防空系统和战斗机组，然后出发前往鬼族舰队最后传来消息的星区。刚抵达，甜水指挥官发现他们还是来迟了一步：鬼族舰队的残骸在太空中漂浮，周围是飞舞的蝗虫族，不远处有一巨大的昆虫状生物在蠕动。马库斯见此怒火中烧，他马上下令各舰载战机出发保护各自的母船，然后，他开始指挥舰队跟中央司令室派来支援的守护者号（Guardian）战列舰组成攻城激光阵型，向那巨大的女皇发动攻击。那些小型蝗虫在女皇受到攻击开始向天使舰队飞去，不过，各舰上的防空系统与战斗机群早就在等着它们。当女皇被攻成激光打至重伤时，天使便让马库斯停火以免整只女皇被彻底摧毁。马库斯让布鲁图斯号上前采集数据，几分钟后，天使兴奋地宣布，她已经发现了蝗虫族抑制吸能者的秘密，对抗吸能者的新式武器很快就能制作出来。 Alpha Gate
2112年11月21日
诺亚的科学家彻底地研究了蝗虫女皇的尸体，他们很快就制作出对吸能者新式武器，并形象地称之为夺能蚊（Energy Skeeter），这种武器能够强行把吸能者个体的能量抽离，让它停止活动，尽管并不能摧毁吸能者的实体，但起码抑制的目的达到了。天使之翼装了这一新武器的试作型，再加上天使之翼吸收了吸能者的残骸并模拟了它的某些特性，回到太阳系再也不是一个自杀式任务。不过，随着华卓人对吸能者恐惧的加剧，他们对天使和天使之翼也越发不信任。马库斯相信他们最终会摧毁天使与天使之翼，这是马库斯决不允许的，因为天使是对吸能者战争胜利的核心！为此，马库斯的好友前往华卓人的母星商讨天使以及吸能者的问题。至于马库斯，在得到新武器后开始向华卓人申请通过阿尔法门（Alpha Gate）回到太阳系，但一直被拒绝，直到华卓人与诺亚的联系被中断。诺亚基地很快就派出侦察船前往阿尔法门调查，但是同样失去联系。因为阿尔法门的防卫关乎诺亚的安全，中央司令最后还是派马库斯的天使舰队前往调查。 舰队从远处就发现了被摧毁的侦察船，还有几个静止的吸能者！看来吸能者已经成功能过太阳系那边的虫洞来到诺亚星系。守卫在阿尔法门附近的两座华卓要塞以及三艘战舰都对天使之翼的无线呼叫毫无回应，看来他们已经被吸能者的AI入侵。为了搜集情报，马库斯让布鲁图斯扫描三艘华卓人的战舰看看是否可能找出吸能者下一步的目标，而其余舰只则护卫布鲁图斯和留意那些静止的吸能者。 当布鲁图斯开始接近华卓战舰时，对方开始发动攻击，吸能者看来已经成功地控制了武器系统，但出于某些原因，驾驶系统还未被侵入，因此这些战舰还未能行动。尽管华卓战舰那些没有针对性的炮火对天使舰队威胁不大，但是攻击的能量却激发了那些静止的吸能者！马库斯下令各舰用新式武器对抗吸能者，实战证明新武器有效！但是，吸能者慢慢懂得利用华卓舰上的炮火为自身补充被吸走的能量，看到这一点，马库斯在等到布鲁图斯完成扫描后便下令全舰利用行星引擎撤离。
天使通过分析采集得来的数据，得出一个让华卓人恐慌的结论：吸能者下一个目标正是华卓人的母星系。 Mechanoid Invasion
2112年11月24日
据报，阿尔法门那三艘被入侵的华卓战舰已经启程前往通向华卓主星系的虫洞，在那里，现时只剩下华卓的星门空间要塞（Star Portal）。星门的华卓守军希望诺亚能派兵支援，中央司令自然是把这项重任交托给马库斯，同时，战列舰守护者号也再次加入到天使舰队当中。
星门要塞的华卓人在看到己方三艘被侵入的战舰正向要塞驶近显得很惊慌，马库斯下令让守护者号与众舰形成攻城激光阵型向对方展开攻击，舰上的炮艇则出发摧毁敌人舰上的设备。不过，华卓战舰冷不防派出禁卫军战机突袭要塞，要塞在面对这些自己制造出来的强大战机无能为力，最终被战机上那些由吸能者AI所控制的猛禽部队占领。既然要塞已被占领，那么摧毁它阻止那些被侵入战舰通过虫洞便是首要任务。这时，对方最大型的城市级战舰平静号（Serenity）上发出了求救信号，马库斯便让突击部队前往营救。
突击队在敌舰的控制室上找到了一名华卓人，这可怜的生还者因为直接与控制仪联系，在面对吸能者AI的入侵时显得痛苦万分。突击队把他与控制仪的连结中断，然后将他带回天使之翼上，马库斯看到已经把生还者救回来了，就下令摧毁平静号和星门要塞。
The Fall of The Vardrags
2112年12月13日
马库斯才刚开始庆祝自己阻止了一场吸能者对华卓人的入侵的战争，便收到中央司令传来的消息：华卓主星系传来了一系列断断续续的信号，因为它极不完整，因此暂时还未知道那边发生了什么事。不过，这些信号实在太让人担扰，因此，马库斯接到命令，立即能过虫洞前往华卓人的主星一探究竟，并且将在那里展开外交工作的大使，马库斯的好友罗布（Rob）平安地带回来。
穿越虫洞后，这里的景像让马库斯惊呆了：吸能者已经来到这里了，而且，不光是吸能者个体，还有那可怕的黑月以及被侵入的华卓战舰。“它们是怎样来到这里的？！”马库斯心中一震，这时甜水指挥官注意到黑月背后那个奇怪的虫洞，天使认为那就是问题的答案。马库斯便让舰队迅速摧毁被侵人的华卓战舰，然后让布鲁图斯前往调查，其余舰只集结到外交大使罗布所在的太阳骑士号战舰（Sun rider)协助防御。当布鲁图斯完成扫描后，天使发现这个看似虫洞的空间裂缝实质上是没有出口的，它通向的是亚空间，这证明“实体”，人们对吸能者AI的称呼，已经获得足够的能量利用亚空间去它想去的任何地方。这绝对是个可怕的消息，为了研究对策，天使要求布鲁图斯对黑月，这个球状的实体分身进行扫描。 通过扫描，天使得到了进一步的资料：这个实体球是由数千的吸能者组成，它的任务是征服个星系并将它合并到实体当中，实体的本源则在亚空间中监视着这一切。 在得到所需的资料后，马库斯知道华卓主星的沦陷已成定局，便下令舰队离开这里。
Bridgehead
2113年1月13日
自从在华卓主星回来后，马库斯一直在问自己：究竟这一切是不是真的？一个人工智能居然拥有强大到能够跨越无数光年去征服整个宇宙的能力，这简直就像神，不，这人工智能已经成为神了。在华卓人受袭后，哥格人也遭到了实体派出的吸能者袭击，尽管他们很勇敢，但哥格人面对的是那些可怕的吸能者，因此最后结局也只能是惨败。值得庆幸的是，华卓人与哥格人终于放弃了多年以来的敌对，跟人类联合起来成为对抗吸能者的同盟，这是一个好的开始。不但如此，天使已经协助科学家们制造出反吸能者护盾，并将其装在诺亚的六艘支援舰上。这种护盾展开后能防卫直径一百公里的区域，所有进入防区的吸能者个体的能量都会被抽离，然后其物质部分则会被还原成纳米状态进而消灭它们。这护盾让人们不再惧怕吸能者，是取得胜利的极大保障。 经过与天使的长时间接触与交流，马库斯终于得知天使并非完全是人类所创造的AI，她是一个名为创造者（Creators）的种族埋藏在天使之翼内的AI种子，是与剑锋组织的研究AI天使合体而成。创造者建造天使之翼与天使，就是为了让她成为对抗实体的武器，但天使现在还未够强大！因此，三个种族的联合舰队准备对实体的新能源基地：太阳系发动奇袭，让天使能够乘机混入亚空间直接跟实体对抗。这场战斗的舰队指挥官，将由马库斯所担任。
马库斯的天使舰队连同载有反吸能者护盾的巨人号作为先锋实验部队重回了太阳系。通过阿尔法门，舰队来到了冥王星，主权者二号基地的所在。在这里的的静止吸能者在感到天使舰队的到来后渐渐开始活动，马库斯下令全力压制这些吸能者直到巨人号上的反吸能者护盾充能完成。几经努力后，舰队顶住攻击，成功地展开了护盾。那些护盾内的吸能者，无论是活动的，还是静止的，都被护盾一一分解。 正当马库斯想松一口气时，主权者基地附近的炮台突然向舰队瞄准，马库斯刚让天使进入主权者基地解决掉这些炮台，却发现基地的空气闸打开了，从里面驶出一艘不明飞船。这艘飞船刚离开基地就马上不见了，这不是隐形，是彻底的消失。众人正猜测它逃到哪里时，那飞船却带着另外两艘相同的飞船突然出现并发动攻击，而且它的炮火无视护盾的存在！马库斯只好让舰队提高警觉，打击随时会出现的敌人。 当三艘神秘战舰都被摧毁时，马库斯通知虫洞另一边的各分舰队可以继续通过执行各自的任务。
Blockade Breakers
2113年1月15日
各舰队在顺利进入太阳系不久后，总部便与其中三支舰队失去联系。据那些舰队最后发回来的消息，他们的反吸能者护盾好像失去了效用。总部很担心一旦护盾失效，那整个地球解放与对抗实体的战争就会失败。不过，天使明确表示护盾并没有失效，只不过是有一个小型的实体球放出的控制力场抵消了支援舰上的反吸能者护盾。而经过计算，这个小型实体球被确认在火星附近，天使说只要利用她制造的四个中断器，就能屏蔽掉实体球放出的力场。最后的作战计划，就是让天使之翼与两艘鬼族战舰利用自身的特性潜入实体球附近安装中断器，当中断器启动后，就可以让舰队进入并消灭实体球。 来到火星附近后，天使之翼与鬼族战舰打开隐形系统开始向各个导航点前进。马库斯在陨石群中发现了那些属于失踪舰队的战舰，其中包括诺班克中将的旗舰巴刹沙号（Balthasar）。看到巴刹沙号，让马库斯想起那艘被吸能者入侵的华卓战舰，“或许，诺班克依然生存……”一想到这点，马库斯就下令毁灭所有舰只，留下巴刹沙号。然后让鬼族把巴刹沙号上所有武器摧毁让它不对舰队构成威胁，再让突击队登舰搜查。突击队在会议室找到了诺班克，不过他看来已经歇斯底里了。在将他击昏后，突击队带回了这个可怜的准将。
当四个中断器都布置好后，实体球的控制力场消失了，舰队终于能够进入这一区域。马库斯让所有载有对吸能者武器的战舰向实体球靠拢，特别是那艘全舰夺能蚊配置的扑灭者号（Exterminator）战列舰。在大量反吸能者武器的攻击下，巨大的实体球终于瓦解了。
The fight for Earth
2113年1月16日
在最终决战前，天使来到了主权者二号基地，她利用她的新能力破解了创造者留下来的信息，这一切的开端：很久以前，创造者的科技已经极端发达，天使之翼也是他们的作品之一。不过，当他们开始创造一种能够自我进化的AI后，创造者便遇上了麻烦：他们的被创造物不再受其控制。这个强大的AI不再满足于电脑网络，它就继续进化下去，因此它入侵了创造者的社会并控制了一切。当时有少数创造者利用天使之翼的亚空间航行能力逃到了太阳系。他们在冥王星建立了基地后，便开始制订一项伟大计划：用AI去对抗AI。
创造者开始秘密地干预地球人的社会与科学发展，让地球人发展自己的AI，然后再在冥王星的基地立埋下创造者所制作的AI种子，等待某一天人类创造的AI到来。事情就像创造者设想的一般，剑锋组织发现了冥王星基地，并带去了研究AI天使。当创造者留下的AI种子遇到天使后，两者便合二为一了。
现在，已经到了最后关头，天使需要人类的帮助去对抗实体；人类也需要天使的帮助夺回家园！马库斯的舰队已经来到了地球，尽管这里到处漂浮着吸能者，但在护盾的作用下已经不构成威胁。舰队真正要面对的，是由实体所控制的各类战舰。马库斯让天使之翼加速赶到中转站，让天使利用它进入地球的网络对抗实体，然后跟各舰只一起摧毁那些地球战舰。当最后一艘地球战舰被毁后，由实体创造出来的虫洞中开始驶出了被控制的哥格舰队。为了避免装载了反吸能者护盾的的巨人号被毁，马库斯让它远离战场，然后各舰只开始在攻击哥格舰队的同时向虫洞附近移动。不过，因为实体虫洞的吸收特性，马库斯让各舰对虫洞保持距离。在消灭了第一波哥格舰队后，接下来的是装备了大威力导弹的诺亚舰队。幸好马库斯早就让各舰守在虫洞附近，因此当敌人的护盾尚未展开时，密集的炮火已经将其扼杀。
这时哥格皇帝的旗舰战呼号与一艘华卓战舰也先后加入对抗来袭舰队的行列，在再次击退一支哥格舰队与华卓舰队后，众人发现一个巨大的能量球从地球升起，然后冲进实体创造的虫洞。天使此时也回到了天使之翼上，她告诉马库斯，实体已经逃回亚空间，她已经准备好最后的战斗。
The nexus
2113年1月16日
能够在亚空间航行的，就只有天使之翼。因此，马库斯下令让众战舰留在地球防守，然后带领船员进入实体虫洞，亚空间的入口。在进入后，天使告诉马库斯，她依然在跟实体对抗，但是，实体依靠五个虫洞从各星系中汲取力量，为了断绝它的力量来源，天使需要马库斯利用天使之翼舰上的破坏器将虫洞锁住。另外，天使还提醒马库斯，先万不要接近黑洞。
大副为天使之翼设置了一系列能够安全通往各虫洞的导航点，马库斯就让天使之翼先关闭身后那通往地球的虫洞，再向其它虫洞进发。但是，当虫洞关闭后，实体让一艘华卓战舰进入亚空间阻止马库斯的行动。尽管华卓战舰体积大于天使之翼数倍，但这并不等于天使之翼会输！双方互相射击了不知多久，华卓战舰终于被破坏，然后被黑洞强大的吸引力撕成碎片。
在解决最后的障碍后，马库斯让天使之翼沿着导航点来到各虫洞并关闭它们，当最后一个虫洞关闭后，天使终于能够成功入侵到实体内部。此刻，马库斯知道自己已经不能再帮上忙，就让天使之翼马上离开亚空间。
随着实体的毁灭，这场被称为“木星事件”的空间大战终告一段落。许多人都认为天使连同实体一起，随着亚空间一起毁灭了。但是，马库斯并不这样认为，他来到英国的巨石阵，那个天使选择的地方。空间在马库斯到达后开始出现裂缝，从里面出现的，是获得了实体力量的新的天使。她告诉了马库斯许多帮助人类继续发展的知识，然后，出发去执行她的最终使命：彻底毁灭所有的人造神
